从鸦|片战争到八国联军，以及庚子赔款，中国即使沦为半殖民地国家被多个国家瓜分领土，都还没像民国之初那样对日恐惧。因为“门户开放”政策，使中国政|府，无论是满清还是民国政|府，都作为一个合法的政权被列强认可。
袁世凯指挥了整个二十一条的谈判过程，现在我们能见到的，袁世凯对二十一条的原本、二十一条的修正本、和日本提出最后通牒的文本。这三本原本的东西，袁世凯在上边用红笔，就用朱笔，用墨笔做了批文，在许多地方做了重点的圈点。除了这些圈点之外，袁世凯对二十一条的条文的批示有70多处长短的批文，指出牵涉到国家领土主权的绝对不谈。
日本在中国扩大权益，把势力发展到长江腹地，发展到东南沿海的第五号内容，这大家都知道的，第五号内容绝对不谈。这一条不仅不能承认，根本不能谈，坚持住这一条不能谈。他指示外交部，要认清当时强弱的悬殊，耐心谈判，能够谈到对自己最有利的条件。同时说希望拖，把给日本的谈判尽量地把时间拖长，因为日本提出是秘密交涉，他想用拖的过程当中，希望引起欧美列强的注意，进行国际的干涉。这样一直拖了几个月，拖到5月。
5月6日，袁世凯在《大总统袁世凯致各省电》中称：中国沿海港湾、岛屿不可让与或租于他国、聘用日本顾问、中日合办警察、军械等为‘其制我死命最要之点’。在我国不宜因此决裂，蹂躏全局。但应尽心竭力，能挽救一分，即收回一分之权利。日本政|府终于恼羞成怒于5月7日向袁世凯政|府发出最后通牒，限5月9日下午6点前答复，否则将执行必要之手段。此时的日本摆出大战一场的姿态，军舰在渤海一带游弋，山东、奉天兵力增加，关东戒严，日侨纷纷回国。
日本提出最后通牒的时候，欧美国家没有一个出来来支持的，甚至于像俄国还打算趁火打劫。英国驻华公使朱尔典也在这天中午前往外交部找陆征祥谈话，他说：“中国已经面临生死存亡的严重关头。我到中国40年，和大总统有30年的交情，今天不能不赶过来说几句真挚的话。最后通牒只能回答是或否，没有讨价还价的余地。此时欧洲各国无暇东顾，中国政|府除接受日本条件外，别无自全之道。”美国驻华公使芮恩施也劝告袁政|府“应避免与日本发生正面冲突”。
袁世凯在中南海春藕斋召开特别会议，征询了袁政|府文武们的意见：“诸位说，咱们是接受，还是给日本打一场？”文武官员们一致认为，只有接受，打不得！
袁世凯认为日本已收回对中国最为不利的第五号各条款，其他条款已非亡国条件，为了避免事态扩大，可以签了。于是那一天下午，召集各部部长，宣布接受“二十一条”的部分要求。
5月9日23时，北洋政|府没有等到预期的外援，以“国力未充，难以兵戎相见”为由，对外宣布接受二十一条中一至四号的部份要求。其后袁世凯就向全国通报，“不得已，只有签订了，这实际上是奇耻大辱”。在国人说这是奇耻大辱之前，他都承认这也是奇耻大辱。当时这种谈判，就在这种历史条件下，没办法。当时在国外，中国的留学海外的精英、当时已经很成名的胡适就说，“这个谈判应该说在之前中国的历史当中，是没有过的，该柔的时候柔，该刚的时候刚，争取了对自己最大的退让了”。
王芸生在30年代初编辑《60年来中国与日本》的时候也说，在回顾整个谈判，袁世凯的指挥和领导，应该说是没大错的，当年的一些历史学家，比如说陈恭禄的《近代史》啊，蒋廷黻的《近代史》等，也都肯定了。这时候二十一条的交涉，应该说这种结论，是中肯的。说他拱手卖国，起码是没有历史依据的。
5月25日，中日在北京签署《关于山东省之条约》、《关于南满洲及东部内蒙古之条约》及13件换文，总称《中日民四条约》，与《二十一条》原案比较，中国损失相较于原案已尽可能减小到最低程度。
所以最后二十一条被迫在有条件的情况下接受了，五•九，被国家定为国耻纪念日，说是奇耻大辱，这确实是。