张居正见了朱翊钧的批示，心中给朱翊钧点了赞，知道皇帝终于明白了他的意思，对日后展布改革事也多了些信心。
他的角度和朱翊钧截然不同，在他内心深处，恨不得把离间君臣、败坏国事的余懋学给宰了，以为乱政者戒。
然而，作为文官之首，儒学门徒，张居正必须坚持大明朝的政治正确——御史、科道言论自由。
反之作为皇帝的朱翊钧，心里面是不想抓余懋学的，虽然其心可诛，但制衡之道也在这“可诛之心”上头，不然的话就把言官的操守看得太高了。
不管皇帝和首辅心里怎么想，令人无语的现实却是，想杀余懋学的一本本的上奏要保他；想轻轻放过余懋学的，却派锦衣卫将他从南京抓来，投入北镇抚司的大牢。政治的吊诡之处，即在于此。
首先被处置的，是“受贿妄言乱政”的王琢玉。锦衣卫拷掠不到两个时辰，王琢玉就如同竹筒倒豆子一般，把两淮盐商重金贿赂，买奏章杯葛晒盐之法的实情交代了出来。
说实话王琢玉做梦也想不到朱翊钧清楚知道以后晒盐法才是主流。他的想法和全体朝臣差不多，应该是某个希求媚上的中官向皇帝说了晒盐法之利，皇帝在深宫拍脑袋决策才大兴晒盐。
既然可被言语动之，也会被言语反之。王琢玉在奏章里煞费苦心，说自己访了老盐工，“为之哂笑”。心说以皇帝年龄，被人耻笑了还不恼？只要恼了，必派员查看，那时才是上下其手的时候——盐商所要的，不过是朝廷派出钦差而已。
可惜这价值三千两的一本，把自己栽了进去。锦衣卫顺藤摸瓜，把贿赂御史的盐商一股脑提溜出来，全部押进京受审。
朱翊钧行事不像武宗，常有混不吝的时候，不跟朝臣讲道理。他最擅长的是后世我军的破敌要义：全力突破一点，然后以点带面，接着迂回包围——偶尔条件成熟了还有中心开花大餐等等。盐政和京营兴革，最能体现他的治政特点。
此次从王琢玉身上打开缺口，还不大挖特挖的话，如何对得起自己身上这身皇帝皮。
盐政官商勾结，朱翊钧用脚指头想，都知道早成痼疾。在盐政改革即将推出的时候，不把这盐政官收拾稳当，谈何兴革。
被捕盐商哪里受得了被朱翊钧亲自调教、指点过的锦衣卫，没留任何外伤，北镇抚司已让盐商们求死不能。
盐商金某交代两淮盐司每年私吞余盐一万万多斤，超过两淮几十家盐场正盐产量的两倍半——都混在他们盐商持引销售的正盐内一起发卖，沿途钞关等关节早已被他们尽数打通。
这大雷爆出，让已成为锦衣卫同知的王通大喜过望，立即密奏朱翊钧。
这每年一亿多斤的余盐之利，被官、商和沿途地方官尽数瓜分，中央大员以“冰敬、炭敬”方式分利。朱翊钧虽对大明盐政腐败早有所料，但没想到他们干的如此奔放，命王通继续秘密深挖。
而后盐商王贡俞咬出户部盐司员外郎等明知两淮贩卖私盐之事，隐而不报，年收例银三千五百两，并有受托请超发盐引给勋贵之事，王贡俞是新进大学士王国光夹袋中私人，这里面的道道也不用多说。
王通取得供词，把证据链查的基本完整后，就领了密旨，近半数锦衣卫出动，把两淮都转盐运使司衙门和南直隶、安徽、江西、湖广、应天府的涉盐官员，包括户部盐司等官吏，几乎大半抓进了南苑专案营地跟盐商做伴。